(1)防腐蝕顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
(2)防潮如果室內潮濕,光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡片一旦生霉,很難除去。顯微鏡內部的鏡片由于不便擦拭,潮濕對其危害性更大。機械零件受潮后,容易生銹。為了防潮,存放顯微鏡時,除了選擇干燥的房間外,存放地點也應離墻、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1~2袋硅膠作干燥劑。并經常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅后,應及時烘烤,烘烤后再繼續使用。
(3)防塵光學元件表面落入灰塵,不僅影響光線通過,而且經光學系統放大后,會生成很大的污斑,影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分,還會增加磨損,引起運動受阻,危害同樣很大。因此,必須經常保持顯微鏡的清潔。